近年来，祁连县把发展医疗卫生事业、解决群众“看病难、看病贵”问题等重点工作作为构建和谐社会的重要任务，不断完善公共卫生服务体系，医疗卫生工作取得了一定成效。

　　医疗条件不断提升。投资3000余万元新建了县医院门诊综合大楼、县医院住院楼、县急救中心等项目，改扩建了8所乡镇卫生院业务用房及45所村卫生室；为县医院配备了CT、腹腔镜、全自动生化分析仪等高端医疗设备，为乡镇卫生院配备了X光机、彩超等设备，为村卫生室配备了手术包、诊断床等医用“小十件”。

　　医药卫生体制改革稳步推进。“十二五”期间，全县17万农牧民累计参加了新农合，9.5万名参合农牧民受益。基本药物和增补药物平均品种达到600余种，基本药物配备使用率、配送率分别达到100%、98%。县财政累计落实基本药物补助资金200余万元。

　　惠民水平显著提高。五年间，患者住院均次费用下降18%；共为5286名患者提供了“先住院后结算”服务模式，无一例恶意逃费现象，回访出院病人满意率达96%。累计为605户奖扶对象落实计划生育“三项制度”奖扶金194万元。